當企業在台灣設置廠房、辦公室或研發中心時，除了基本的建築物使用許可制度，還必須因應自身產業類型所對應的目的事業主管機關規定，落實法規上的報備、申請與安檢作業。這不僅關乎合法經營，更直接影響日後能否順利取得如進出口認證、生產許可或政府補助資格。以下針對各類企業提供專家建議，並就常見風險進行估算與提醒。
工商使用許可制度運行下的建議
一、企業應落實的報備與申請作業
不同產業屬於不同主管機關，例如：
製造業、科技業：經濟部工業局負責，並需通過環保署、消防署與地方建管單位審核。
生技醫療業：衛福部與食品藥物管理署主管，對GMP設施與研發用途場地審核特別嚴格。
農業、食品加工業：農委會與食品安全部門為主管機關。
物流倉儲業、國際貿易業：需配合財政部關務署與經濟部國貿局的設施與安全標準。
若企業欲從事研發或生產活動，應於建物用途與使用項目合法後，進一步申請下列項目：
特定用途變更或使用執照更新
安檢與消防合格報告
環評與排放許可（尤其對高污染或特殊製程業者）
進出口報關註冊與產品認證（如CE、FCC、ISO等）
研發許可與補助計畫報備
二、風險與潛在代價估算
未依規定辦理可能面臨下列風險與代價：
1. 違規使用空間的罰責與行政命令
被地方政府列為違規使用建物，可處 3萬至30萬元罰鍰，並要求限期改善。
若未改善，將面臨限期停業、斷水斷電、註銷使用執照等行政處分。
2. 無法取得相關認證與報關困難
生產設施未經主管機關核可，無法取得出口認證或技術報備許可，導致產品無法出貨。
有些補助與創新計畫需提供「合法使用證明」，否則會失去申請資格。
3. 企業商譽與投資受損
法規違反會列入公開紀錄，對於上市櫃公司或外資投資企業影響形象。
若未經核准擅自生產，恐構成違法製造，甚至涉及刑責或罰鍰（如違反藥事法、環保法）。
4. 產線中斷與損失評估（估算示例）
以一家中型電子零組件廠商為例：
| 項目 | 預估損失金額（新台幣） |
|---|---|
| 違規使用空間罰鍰 | 30萬元 |
| 限期停工導致產線停擺（每週） | 約300萬元 |
| 出口延誤訂單賠償 | 約100萬～500萬元 |
| 設備移轉與合法化費用 | 200萬～800萬元 |
| 品牌商譽損失（難以量化） | 高 |
三、專家建議
✅ 1. 初始設址階段即諮詢專業顧問
企業於評估購地、租廠、設研發據點時，應主動尋求建築、法規與產業顧問協助，確認是否屬「合法使用範圍」，並與目的事業主管機關確認核可程序。
✅ 2. 建置流程「雙軌並行」處理
在辦理建物使用許可（建管路線）時，同步進行產業主管機關的用途審查、安檢報告與研發申請，以縮短啟用時間，避免落入違規使用的灰色地帶。
✅ 3. 建立法遵SOP並定期審核
中大型企業建議設立法規遵循負責單位，定期盤點設施合規性與更新需求，尤其在擴廠、設新據點、改變使用用途時，應重新檢視所有使用許可。
✅ 4. 若已發生違規，應即刻補辦或處理轉型
若企業現已在使用不符法規的空間從事生產或研發，應委託專業單位進行現況評估，儘速處理合法化、用途變更或遷移計畫，降低未來風險。